REECRITURE ECOLOGIQUE DES RELEVES PHYTOSOCIOLOGIQUES

 Liste des relevés phytosociologiques informatisés

Le but de cette réécriture est de présenter les relevés phytosociologiques de façon standardisée en quantifiant la contribution écologique de chaque plante à la définition du milieu du relevé.

Elle est un peu comparable à ce que font les phytosociologues lorsqu'ils créent les tableaux à partir de leurs relevés. Ils rangent les plantes en caractéristiques d'association, d'alliance, d'ordre ou de classe, puis, en fin de tableaux, ils disposent les ubiquistes, les indifférentes et les accidentelles.

Il y a cependant deux différences essentielles entre ces deux façons de procéder.

La première porte sur la mesure de l'importance écologique de chaque plante-indice de variable du relevé, mesure qui ne fait appel qu'à la source d'informations qu'est la banque de données des relevés. Lorsque celle-ci évolue, l'importance écologique d'une plante évolue elle aussi mais ce, d'autant moins, que le comportement écologique de la plante est déjà bien cerné. De leur côté, les phytosociologues attribuent une signification de "caractéristiques" aux plantes, dans le cadre de groupements, en se basant sur leur expérience. Cette attribution demeure figée jusqu'à ce qu'un autre phytosociologue en décide autrement.

La seconde différence porte sur le fait, qu'ici, les relevés sont réécrits un par un et non disposés en tableaux : la constitution des tableaux relève de la comparaison des relevés, opération qui sort de ce sujet.

Quelle est cette mesure de l'importance écologique d'une plante dans un relevé ?

Considérations préliminaires

Dans un relevé, toutes les plantes sont témoin du même milieu. Mais il y a de bons témoins et d'autres qui le sont moins. L'audition d'un seul témoin n'est souvent pas suffisante pour faire jaillir la vérité, en tout cas, l'observation d'une seule plante, ou d'un nombre réduit de plantes, dans un relevé, fussent-elles très caractéristiques ou très discriminantes, ne sont pas suffisantes pour en caractériser le milieu. Chaque plante du relevé doit exprimer son témoignage.

Signification de la mesure et mode de calcul

Rappelons que le milieu d'un relevé est caractérisé, ici, par des indices de variables (les fidélités moyennes : FIM) qui portent des noms de plantes puisque, en phytosociologie, on ne dispose pas de façon standardisée de mesures sur les variables du milieu, mais uniquement des observations de plantes.

Les pouvoirs discriminants (PDR) des indices de variable (IV) d'un milieu (R) mesurent l'importance relative d'un indice de variable dans l'originalité globale du milieu. Cette originalité globale est mesurée par la distance entre le milieu du relevé et l'ensemble des milieux recensés dans la banque (CG). Le pouvoir discriminant peut donc se calculer par la contribution de l'indice de variable à la distance précédente.

PDR(IV,R) = (FIM(CG,IV) - FIM(R,IV))2

En fait la formule de calcul est un peu plus compliquée à cause des indices de variable simultanément nuls entre le milieu et le centre de gravité de la banque.

Si, pour un indice de variable donné, les valeurs des fidélités sont toujours fortes, dans tous les relevés, on ne peut pas en déduire que cet indice de variable est important. En effet, pour ce même indice de variable, le centre de gravité de la banque aura lui aussi une valeur forte. On ne peut donc pas se fonder sur les seules fidélités des relevés pour rechercher les indices de variables les plus importants. Il faut les rapporter à un point de comparaison, le plus général possible, tel que le centre de gravité de la banque.

De même, si un ensemble de relevés possède des fidélités fortes pour un indice de variable donné, mais que les autres relevés de la banque ont des fidélités faibles à nulles, alors, pour ce même indice, le centre de gravité aura une fidélité faible. Le rapport entre ces deux valeurs sera fort : le relevé appartenant à l'ensemble sus cité sera original vis-à-vis de cet indice de variable.

On peut avoir le cas inverse de fidélités généralement fortes, toujours pour un même indice, sauf pour un lot de relevés. A ce moment-là, la fidélité du centre de gravité sera forte comparée à celles des relevés de ce lot. De façon conventionnelle on mettra un signe négatif à ce type de situation : le relevé sera caractérisé par son absence des milieux comportant l'indice de variable en question.

Résultats

Pour chaque relevé, on calcule les pouvoirs discriminants de chaque indice de variable (7.100). La somme de ces valeurs, en valeur absolue, vaut 1000 (exprimée en pour mille). On trie ces valeurs et on les sépare en deux lots.

Le premier lot est représenté par tous les indices dont la somme vaut, conventionnellement, la moitié de la somme totale, soit 500 pour mille. Ces indices qui portent des noms de plantes sont appelés pour cela les "plantes discriminantes". Ces dernières sont généralement en nombre réduit (entre 20 et 50). A elles seules, elles expriment la moitié de l'originalité du relevé par rapport à l'ensemble des observations de la banque.

Dans le relevé, une partie des plantes observées appartient à l'ensemble des plantes discriminantes, si bien que le lot des plantes discriminantes se répartit en deux sous-ensembles : les plantes discriminantes présentes dans le relevé et celles qui en sont absentes.

Dans le second lot se trouvent les plantes qui ne sont pas suffisamment discriminantes. Elles sont affectées de leur valeur discriminante et triées, en même temps que les autres, selon ce critère.

Au total, un relevé réécrit comporte trois séries de plantes :

Plantes discriminantes présentes dans le relevé

Ce sont à la fois des plantes du relevé et l'indication, par le biais des indices de variable, que le milieu qui convient à ces indices convient aussi à ces plantes ce qui, dans ce cas, est une tautologie. Les plantes discriminantes sont l'équivalent numérique des plantes caractéristiques de la phytosociologie : c'est pourquoi les phytosociologues pourraient avantageusement présenter leurs relevés en utilisant ce critère. En outre, elles sont plus nombreuses et rangées par pouvoir discriminant décroissant, sans découpage en classe.

Plantes discriminantes absentes du relevé

Ces plantes, bien qu'absentes, ont une forte probabilité de présence dans le relevé. Elles constituent la partie de la flore potentielle qui est la plus probable. Lorsque le botaniste retournera sur le terrain il pourra utiliser cette liste soit pour qu'elle l'aide à compléter son relevé en recherchant si telle ou telle plante ne s'y trouverait pas, soit comme aide probabiliste à l'identification de plantes qu'il aurait pu avoir notées seulement au niveau du genre.

Plantes non discriminantes du relevé

Ce sont des plantes effectivement observées mais dont la fréquence totale dans la banque et la fidélité à certains milieux sont faibles. Somme toute, ce sont de moins bons témoins du milieu à mesure que leur pouvoir discriminant décroît. Les plantes accidentelles sont le cas extrême de ces mauvais témoins. Ce sont des plantes à la fois peu fréquentes et peu fidèles qui par conséquent se trouvent dans des milieux disparates.

Un cas encore plus extrême serait constitué par les plantes erronées, soit en raison d'erreur de détermination, soit d'erreur de transcription qui auraient pu échapper à toutes les procédures de contrôle déjà utilisées. Que ces procédures soient tout simplement inapplicables (fichier informatique communiqué sans les documents écrits empêchant la relecture), soit qu'une correction ait entraînée une nouvelle erreur, soit encore qu'il y ait déjà une erreur dans le document original, etc.

Le contrôle de la probabilité de trouver de telles plantes teste l'homogénéité écologique des plantes non discriminantes.

Ce test est la mesure de la distance écologique globale entre le relevé et chaque plante de ce même relevé. Si la distance est supérieure à un seuil, fixé arbitrairement, la plante est considérée comme plus ou moins hétérogène par rapport au milieu. A tel point qu'il est prudent de contrôler ces plantes afin de voir s'il n'y a pas tout simplement une erreur qui se serait glissée au long de la chaîne de transcription depuis le travail de terrain jusqu'à la banque de données. Les plantes considérées comme suspectes sont représentées par des couleurs, vert, bleu puis rouge, fonction de leur hétérogénéité écologique croissante.

Ce test, de nature écologique, s'ajoute aux représentations cartographiques et aux relectures qui contribuent à améliorer la qualité de la banque SOPHY.

Plantes dont le pouvoir discriminant est négatif

Le total de 1000 pour mille est le résultat de la somme des pouvoirs discriminants en valeur absolue. Les valeurs négatives soulignent les indices de variables desquels le relevé est exclu. Les indices de variable négatifs ne sont pas présentés dans les listes.